Na edição 80 a qualidade microbiológica do leite está diretamente relacionada às diferentes fontes de contaminação às quais o produto pode estar exposto durante o processo de produção. Essas contaminações podem ser endógenas ou exógenas e incluem uma ampla diversidade de microrganismos patogênicos, deteriorantes e benéficos.
A contaminação do leite pode processar-se por duas vias: a endógena, no caso de animais enfermos, e a exógena, que ocorre após a saída do úbere. Estas contaminações podem atingir a ordem de milhões de bactérias por mililitros e incluem tanto microrganismos patogênicos como deteriorantes.
Independentemente da espécie animal, a contagem de bactérias é muito maior do que a contagem de fungos, sendo a microbiota fortemente influenciada pelo sistema de manejo geral da fazenda. A variação da microbiota é ampla entre fazendas, mas geralmente muito menor na própria fazenda.
Na parte superior da glândula mamária de uma fêmea lactante saudável, o leite é frequentemente considerado estéril. A partir do canal da teta, tem origem a formação de uma população microbiana, desejável ou indesejável, cuja composição depende dos mais diferentes fatores, diretos ou indiretos, que envolvem o sistema de produção do leite.
Na saída do úbere, os fatores diretos que entram em cena são os ambientes microbianos com maior contato com o leite, ou seja, as tetas do animal, os equipamentos e a linha de ordenha, o ar e o tanque de armazenagem. As fontes indiretas são a ração, a cama, a água de beber e de lavagem, o estábulo e o ordenhador. A colonização microbiana será definida pelo grau de proximidade da fonte durante a produção.
Tanto o canal como a superfície das tetas são colonizados por uma grande diversidade de bactérias e constituem uma fonte potencial direta de entrada de microrganismos No leite, as populações predominantes no canal vão de estafilococos coagulase negativa a enterobactérias, bactérias corineformes, clostrídios e bactérias Gram negativas, como, por exemplo, pseudomonas. A microbiota da superfície das tetas é dominada por estafilococos coagulase negativa, bactérias corineformes, enterobactérias, butíricos, pseudomonas e também bactérias láticas. Os biofilmes em equipamentos de ordenha de aço inoxidável, borracha, silicone, vidro ou plástico são igualmente considerados outra fonte direta e, portanto, contribuem para o aumento da carga microbiana do leite cru.

As fontes microbianas indiretas estão associadas à alimentação, ou seja, pastagem, silagem e feno. A pastagem normalmente é rica em bactérias Gram negativas, como Enterobacteriaceae, estafilococos e bactérias corineformes, como Curtobacterium sp., além de leveduras. No entanto, apresenta baixo teor de Lactococcus lactis ssp. lactis. A silagem pode abrigar várias bactérias láticas, incluindo Pediococcus pentosaceus e lactobacilos, mas não enterococos, Pseudomonas sp., bactérias coliformes, leveduras e bolores, além de bactérias filamentosas semelhantes a bolores. O feno pode conter gêneros fúngicos, como Eurotium sp., microrganismos mesofílicos e actinomicetos termofílicos ActiNomycetaceae e bastonetes Gram positivos, como Curtobacterium sp., Bacillus e Paenibacillus sp., além de Gram negativos, como Pantoea e Pseudomonas sp. A água dos bebedouros também pode ser fonte de leveduras, Pseudomonas sp. e coliformes. Nos estábulos e nas salas de ordenha, a água de lavagem, assim como as fezes, constituem fontes indiretas de contaminação. As fezes, em todas as fases, são responsáveis pela introdução de Enterobacteriaceae, bactérias esporuladas, leveduras e várias bactérias láticas.
Atualmente, as transferências microbianas para o leite no nível de cepas não passam de sugestões. Elas carecem de mais estudos com emprego de análises que permitam o sequenciamento genômico, de forma a fornecer novos conhecimentos sobre os fluxos gênicos e a adaptação metabólica de cepas de diferentes origens. Alguns estudos realizados com o uso de tipagem molecular evidenciaram a presença de algumas cepas comuns ao leite cru e ao ambiente da propriedade. As fontes e espécies são demonstradas na Tabela I.




